，各土著又窝藏叛匪。徐元泰于是命令都指挥李献忠等人分兵围剿。匪徒假装投降，诱惑抓住李献忠等三位将领，杀死士兵数千人，势力更加猖獗。李应祥等人回师凯旋，徐元泰更加征发播州、酉阳等地的土著兵，一共五万人，命令李应祥统帅朱文达、边之垣和周于德各将领分三路进入，原总兵郭成也随军出征。十月，周于德首先打败白禄兵，追到马蝗山，攀登索梯上山，匪徒溃败。乘胜攻击木瓜部，射死白禄。追赶到利济山，雪有几尺深。周于德首先登山，再次大败匪徒，放火焚烧了敌据点。当初，撒假跟陈九乍率领一万人占据山头，播州兵把他们打跑了。到这时，朱文达又一次在大田坝打败他们，汇合周于德部追击，所到之处都取得胜利。游击万鏊在鼠囤偷袭撒假，抓获了他的妻子、儿子。郭成又在三宝山跟撒假大战，活捉了他。安兴据守大本营，朱文达、万鏊分兵进击，抓获了他的母亲、妻子。安兴在逃跑途中丢一些金子，减缓追赶他的人的速度，于是才得以逃脱。不久，各路大军深入进剿，最终抓获了他。其他土著部落害怕而投降的有二千多人。全部都交出了田地，愿意向朝廷进贡，于是罢兵。一共斩首一千六百九十，俘虏七百三十多人，在这个地方设置屏山县。按军功，李应祥累积加官到都督同知，徐元泰也做到兵部尚书。

这时，四川一带厉害的盗匪都已平定，李应祥威名远扬。御史傅霈巡检部属，责备李应祥冒领军饷。李应祥贿赂他八千两银子，被他上报了，罢了李应祥的官。兵部推荐李应祥做南京右府佥书，给事中薛三才坚持不同意。

万历二十八年(1600)大规模征伐播州。贵州总兵官董元镇停留不前，总督李化龙弹劾他，推荐李应祥代替他。这时军队分为八道，贵州分为乌江、兴隆二道。下诏董元镇充当事官由乌江道进入，李应祥由兴隆道进入，各道限定在二月十五日进兵。李应祥还没有上任，副将陈寅等人已连克数座敌营，将匪徒赶到四牌高囤下面，另外派小分队从小路直捣龙水囤。其他将领蔡兆吉又从乾坪抵达箐冈，经过四牌。强盗头子谢朝俸经营他的根据地，四面都是丛林峭壁，前面有二道关隘。强盗们从高处往下呐喊冲击，政府军拼死作战，俘虏了谢朝俸的老婆孩子，乘胜利之势进抵河畔，正好碰到乌江失败的书信到达，收拾部队原地待命有十来天。等到李应祥上任，便催促各将领快速渡河，陈寅等人于是一边从其他途径渡河，一边却偷偷地架设浮桥渡过大部队。各军渡河后，匪徒失去可以凭借的天险，纷纷乞求投降，李应祥全都接受了。匪徒所凭借的只有黄滩关，它像墙壁一样陡直，众匪徒在那里死守。正好匪徒石胜俸等率领一万多人投降，告诉说：“离黄滩三十里有三个关隘，是进入播州的门户，先攻取这三关，那么黄滩就孤立难守了。”李应祥同意了这个计划，命令陈寅率领精兵四千人在夜晚抵达关下。石胜俸带着几十个骑兵引诱匪徒开门，然后歼灭了守门匪徒。黄滩的匪徒们害怕了。陈寅统领各位将领渡河猛攻关前，石胜俸从坟林暗渡偷袭关后，匪徒于是大败。李应祥直达海龙囤，联合各路部队一起消灭了杨应龙。

播州平定后，回师镇守铜仁。第二年改派镇守四川，播州匪徒的余党吴洪、卢文秀等人讨厌有关部门法令太严，而遵义知县萧鸣世又不得人心。吴洪等人于是宣称杨应龙还有儿子在世，聚集众人叛乱。李应祥随同副使傅光宅一起搜捕他们，将他们全部抓获。李应祥不久死于任上。因为平定播州有功，赠左都督，世代荫封为千户。

李应祥作为将领，有勇有谋，所到之处都捷报频传。平定四川三大盗匪，李应祥居功最多。

陈璘，字朝爵，广东翁源人。嘉靖末年，担任指挥佥事。随军讨伐英德强盗立下战功，提升为广东守备。参加平定大强盗赖元爵和岭东的残匪。万历初年，征讨平定高要土匪邓胜龙，又平定揭阳土匪和山匪钟月泉，多次提升到代理都指挥佥事，佥书广东都司。

政府军攻打诸良宝，副将李成立战败，总督殷正茂请求临时授予陈璘参将职，让他自己统帅一支部队。土匪平定后，授予肇庆游击将军，调任高州参将。总督凌云翼将要大规模地征伐罗旁，先下令实行围剿。陈璘一共扫荡九十个敌据点。不久，兵分十路大规模征讨。陈璘从信宜进入，会合各路军，消灭了敌人，在当地设置罗定州和东安、西宁二个县。随即提升陈璘为副总兵，代理东安参将事宜。不久，残匪杀死官民。责令陈璘带罪杀贼。陈璘会合其他将领朱文达等攻占石牛、青水各据点，捕获斩首三百六十多人，照原样给予他俸禄。

这时东安刚刚安定，陈璘大兴土木，营建寺庙，役使他的部下，并且勒索他们出钱。士兵们都被激怒了，于是发生暴乱，抢劫州县，被巡抚御史罗应鹤揭发了，下诏剥夺了陈璘的官职。不久抓住了匪徒，于是解除了对他的处罚，改任狼山副总兵。

陈璘很有谋略，善于用兵打仗，然而所到之处都很贪财，又一次被弹劾剥夺了官职。废除很久了，朝廷中很多人爱惜他的才干，却不敢举荐他。万历二十年(1502)，朝鲜打仗，因为陈璘熟悉倭寇的情况，命令提为神机七营参将。没多久，提拔代理都督佥事，充任副总兵官，协同防守蓟镇。第二年正月下诏以本官统领蓟镇、辽阳、保定、山东各军。抵抗倭寇保卫海防。正好朝廷议论封日本为王接受朝贡的事情，暂且休兵，改派陈璘协助防守漳州、潮州。贿赂石星，被他揭发了，又被罢官回家。